| 序章 |
主人公・零崎紘可は高校二年になる春、育ての親である無良木耶告の転勤に伴い私立梵学園へ転入することに。 転入初日、突如『零』の文字が左手に刻まれ、それをきっかけに【数乱戦】という数家の戦いに巻き込まれてしまいます。 
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| 一章～三章 |
数家の人間しか持つことがないと言われる【刻印数】を持ったことにより、紘可は学園内にいる数家の生徒たちと密に関わることになります。 三章では、数研（数学研究同好会）もしくは生徒会どちらに所属するかを選択します。 |
| 四章（数研編 or 生徒会編） |
選んだ所属先によって物語は変わり、そこのメンバーたちとの交流が始まります。 更にここでの選択肢によって個別ルートへ分岐します。 数研→光・崇樹・巡ルート 生徒会→央助・有比・景太郎ルート 
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| 個別ルート |
なぜ絶家したはずの零崎家が生きながらえていたのか、なぜ主人公は数乱戦に巻き込まれてしまったのか…ルートによって明かされる真実は異なります。 各個別ルートにEDは2種類ずつ用意しております。 |
