２０１０年、秋。

都内にある私立学校「秋霖学園」(しゅうりんがくえん)の初等部に通う、小学６年生の主人公――九楼撫子(くろうなでしこ)。
幼馴染の理一郎と共に比較的穏やかな学生生活を過ごしていたが、一時期から彼女は毎日のように不思議な夢を見るようになる。
――それは暗く陰鬱な、赤と青に彩られた黒い空が覆う荒廃した世界の夢だった。

そんなある日、撫子と理一郎は新任教師・神賀旭(かがあきら)に呼び出される。
同じく教室に呼び出されたのは、他のクラスで問題児と噂される生徒や下級生を含め、計６名。
そこで先生が告げたのは「問題児である君たちに、課題を与えます」という言葉だった。

即席の仲間達と共に、先生に与えられた「課題」をこなさなければならないことになったメンバー。
四苦八苦しながらも充実した学校生活を送る裏で、徐々に【現実】を侵食していく謎の数々。

そして、それらに翻弄される撫子の前に現れたのは、【夢の世界】で会ったはずの人物だった。

どこか見覚えのある面影の「彼」との出会いによって、運命の歯車は廻りだす――。